Som forældre til et barn på Øster Jølby Friskole er man automatisk medlem af skolekredsen. Herved får man mulighed for at stemme til generalforsamlingen, der er skolens øverste myndighed.

 På den årlige generalforsamling (april måned) vælges en bestyrelse, som består af 7 personer. Det er ligeledes generalforsamlingen, der ansætter og afskediger skolens leder, efter indstilling fra bestyrelsen.Bestyrelsen har ansvaret for den overordnede ledelse af skolen, herunder ansvaret for skolens økonomi. Det er skolelederen, der varetager den daglige pædagogiske ledelse.